บ้านเด็กพระคุณดำเนินงานให้ความช่วยเหลือเด็กที่ได้รับผลกระทบจากเอดส์ผ่านงานเยี่ยมบ้านสมาชิกของคริสตจักรพระกิตติคุณสมบูรณ์จันทบุรี ตั้งอยู่เลขที่ 15/25 ถ.เทศบาล 2 ต.วัดใหม่ อ.เมือง จ.จันทบุรี ตั้งแต่ปลายปี พ.ศ. 2539 โดยในขณะนั้นอาจารย์กิตติศักดิ์ ลิมป์ธนกุลชัย เป็นอาจารย์ประจำคริสตจักร ได้ให้ความช่วยเหลือโดยรับสองสามีภรรยาที่ติดชื้อ HIV และบุตรจำนวน 1 คน ให้มาพักอาศัยที่คริสตจักรฯ จนกระทั่งสองสามีภรรยาเสียชีวิตลง เด็กจึงขาดที่พึ่งพิง เนื่องจากญาติไม่ต้องการเพราะกลัวติดเชื้อ ทางคริสตจักรจึงตกลงรับอุปกรระบุตรของผู้ป่วย 1 คน และหลังจากนั้นทางคริสตจักร นำโดยอาจารย์กิตติศักดิ์ได้มีโอกาสไปเยี่ยมบ้านผู้ป่วยที่ติดเชื้อในอำเภอท่าใหม่ ตำบลอัมพวา ตำบลคลองขุด ตำบลป่าแดง ประมาณ 15 ครัวเรือน ต่อมาเมื่อผู้ป่วยได้เสียชีวิตลง สมาชิกใครอบครัวคงเหลือแต่คนชรา และเด็กกำพร้า แต่ด้วยเหตุผลอันเนื่องมาจากการขาดความรู้ความาเข้าใจในเรื่องโรคเอดส์ ทำให้ญาติพี่น้องเพื่อนบ้านรู้สึกกลัว และไม่ยอมรับอุปการะเด็กเหล่านี้ไว้ จึงเป็นจุดเริ่มต้นของช่วยเหลือเด็กที่ได้รับผลกระทบจากเอดส์ ตั้งแต่ ปี 2541 เป็นต้นมา
โดยในเริ่มแรกอาจารย์กิตติศักดิ์และภรรยา ได้อุปการะเด็กที่รับผลกระทบจากโรคเอดส์มาดูแลด้วยตนเองในคริสตจักรพระกิตติคุณสมบูรณ์ โดยได้รับความร่วมมือกับหน่วยงาน ภาครัฐ เช่น สำนักงานสาธารณสุขจังหวัด สำนักงานประชาสงเคราะห์จังหวัด โรงพยาบาลในจังหวัดจันทบุรี และองค์กรเอกชนด้วนเอดส์ เพื่อส่งต่อกลุ่มเป้าหมายที่มีฐานยากจนเข้ารับการรักษาและเด็กที่ได้รับผลกระทบจากโรคเอดส์ที่ประสบปัญหาขาดที่พักพิงหรือถูกทอดทิ้ง
เมื่อเวลาผ่านระยะหนึ่งเด็กในความอุปการะได้เพิ่มมากขึ้น ใน ปี พ.ศ. 2545 ได้รับการอนุเคราะห์จากสำนักงานประถมศึกษาจังหวัดจันทบุรี ให้ใช่โรงเรียนสระแก้ว (เดิม) ซึ่งยุบการเรียนการสอนแล้ว ปรับปรุงเป็นบ้านพักแม่และเด็กที่ได้รับผลกระทบจากโรคเอดส์ ใช้เป็นที่ทำการสำนักงานบ้านเด็กพระคุณในปัจจุบัน
ในปี พ.ศ. 2546 ได้รับการจดทะเบียนเป็นสถานสงเคราะห์เด็กเอกชน ใช้ชื่อว่า “มูลนิธิบ้านเด็กพระคุณ” เมื่อปี พ.ศ. 2548 เป็นสถานรองรับเด็กกำพร้าที่ได้รับผลกระทบจากโรคเอดส์ ในเขตจังหวัดจันทบุรีและพื้นที่ใกล้เคียง โดยส่งเสริมให้เด็กได้รับทุนการศึกษาควบคู่ไปกับการพัฒนาการด้านสุขภาพ อารมณ์ จิตใจ เพื่อปรับความคิดพฤติกรรมเด็กกลุ่มนี้ให้สามารถอยู่ในสังคมได้อย่างมีศักยภาพเหมือนเด็กทั่วไป มีคุณภาพชีวิตที่ดี และอยู่ในสังคมอย่างมีศักดิ์ศรี
ปัจจุบันมีเด็กในความอุปการะที่พักอาศัยในมูลนิธิ จำนวน 65 คน (เป็นเด็กติดเชื้อจำนวน 33 คน) เป็นเด็กชาย 42 คน หญิง 23 คน และเป็นเด็กในชุมชนที่มีผลกระทบจากโรคเอดส์ จำนวน 32 คน
1. จัดหาที่พักให้แก่เด็กที่ไม่มีผู้อุปการะอันเนื่องจากพ่อแม่ของเด็กเสียชีวิตด้วยโรคเอดส์
2. สนับสนุนให้เด็กได้รับการศึกษาอย่างต่ำขั้นพื้นฐานตามที่กฎหมายกำหนด หรือในระดับที่สูงขึ้นตาม ความสามารถและความถนัดของเด็กโดยจัดหาทุนการศึกษา อุปกรณ์การเรียนที่จำเป็น
3. จัดให้เด็กได้รับการดูแลด้านสุขภาพอนามัยและอาหารที่เหมาะสม บริโภค อาหารให้ครบทั้ง 5 หมู่ มีน้ำดื่มที่สะอาด อยู่ในสภาพแวดล้อมที่ถูกสุขลักษณะ และโดยเฉพาะอย่างยิ่งเด็กที่ติดเชื้อ HIV โดยผลักดันให้เด็กให้เข้าถึงบริการด้านสุขภาพจากรัฐ ให้ได้รับการรักษาและการให้ยาอย่างต่อเนื่อง
4. รณรงค์ให้ความรู้เรื่องโรคเอดส์แก่เยาวชนในสถานศึกษา มุ่งให้เด็กมีความรู้ ความเข้าใจเรื่องโรคเอดส์ เพื่อป้องกันตนเองให้ปลอดภัยจากโรคเอดส์ สามารถยอมรับและอยู่ร่วมกับผู้ติดเชื้อในครอบครัว ชุมชน สังคมได้
5. สนับสนุนให้เกิดการรวมตัวของผู้ติดเชื้อ โดยใช้ชื่อว่า ชมรมปันรัก มีวัตถุ ประสงค์เพื่อให้ผู้ติดเชื้อมีโอกาสได้พบปะแลกเปลี่ยนความคิดเห็น ให้กำลังใจซึ่งกันและกัน ประชาสัมพันธ์ข่าวสารที่เป็นประโยชน์แก่สมาชิก เยี่ยมเยียน